Gevherhan Sultan, 1660 yılında, henüz 52 yaşındayken vefat etmiştir . Ölüm nedeni kaynaklarda belirtilmemiştir.
Gevherhan Sultan'ın dul kaldıktan sonra ailesinin yanında kaldığı ve iki erkek kardeşinin ölümünü gördüğü, ayrıca annesi Kösem Sultan'ın öldürülmesinin ardından dokuz yıl daha yaşadığı bilinmektedir .