Gebze Fatih Devlet Hastanesi'nde aşağıdaki bölümler bulunmaktadır: Tedavi Bölümleri: Acil Servis, Anesteziyoloji ve Reanimasyon, Beyin ve Sinir Cerrahisi, Cildiye (Dermatoloji), Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı Hastalıkları, Enfeksiyon Hastalıkları, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon, Gastroenteroloji, Genel Cerrahi. Tanı Bölümleri: Mikrobiyoloji, Biyokimya, Patoloji, Radyoloji. Ayrıca hastanede Diyaliz Merkezi, Gebe Okulu, Evde Sağlık Birimi gibi özellikli hizmetler de sunulmaktadır.