Ece Ayhan, 12 Temmuz 2002 tarihinde kalp yetmezliği nedeniyle hayatını kaybetmiştir .
Ancak, Ece Ayhan'ın yaşamı boyunca sağlık sorunları yaşadığı bilinmektedir . 1974 yılında beyninde tespit edilen tümör nedeniyle üç yıl İsviçre'de tedavi görmüş ve bu tümör sağ kulağında işitme kaybına, sağ gözünde ise görme kaybına yol açmıştır .
Ece Ayhan, 1999 yılında bacaklarının felç olması üzerine hastaneye kaldırılmış ve sonrasında çeşitli sağlık sorunları için farklı hastanelerde tedavi görmüştür .