Prof. Dr. Başak Baksu, şu anda kendi özel muayenehanesinde görev yapmaktadır .
Daha önce çalıştığı bazı hastaneler:
- Acıbadem Kozyatağı Hastanesi ;
- Zeynep Kamil Kadın ve Çocuk Hastalıkları Eğitim ve Araştırma Hastanesi ;
- Haseki Eğitim ve Araştırma Hastanesi ;
- Şişli Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi .