En güçlü Yu-Gi-Oh! kartı konusunda farklı görüşler bulunmaktadır. Bazı kaynaklar Last Turn ve Apoqliphort Towers kartlarını en güçlü olarak değerlendirirken, diğerleri Exodia, The Forbidden One ve The Winged Dragon of Ra gibi kartları öne çıkarmaktadır. Last Turn, yaşam puanı 1000'in altına düştüğünde kullanılarak hem oyuncunun hem de rakibin birer kart seçmesini sağlar ve geriye kalan tüm kartlar mezarlığa gönderilir. Apoqliphort Towers, neredeyse her etkiye karşı bağışıklıdır ve özel olarak üç Qliphort canavarı feda edilerek çağrılabilir. Exodia, The Forbidden One, beş parçaya bölünmüş bir karttır ve tüm parçalar bir araya getirildiğinde rakipten bağımsız olarak oyunu kazandırır. The Winged Dragon of Ra, Mısır Tanrı kartları arasında en güçlü olanıdır ve sahaya çıktığında diğer kartlar ve efektler bir süre etkinleştirilemez. Yu-Gi-Oh! kartlarının gücü, kullanım stratejisine ve diğer kartlarla olan etkileşimlerine bağlı olarak değişebilir.