Evet, Valheim'ın bir hikayesi var. Oyun, öldürülen Vikinglerin Valhalla salonlarına uygun olduklarını kanıtlamak için gittikleri bir dünyada geçiyor. Oyunun ana hikayesi şu şekilde özetlenebilir: Odin'in yeminli düşmanlarının güçlendiğini duyan Odin, savaşçılarını Midgard'daki savaş alanlarından toplamak için Valkyrie'lerini gönderir. Oyuncu, bu dünyaya hiçbir şeye sahip olmadan başlar ve çok geçmeden İskandinav dünyasına ulaşmak için Valheim'ı kötülüklerden arındırması gerektiğini keşfeder.