Undertale, insanların ve yaratıkların savaştığı ve insanların galip gelerek yaratıkları yeraltına hapsettiği bir dünyada geçen bir hikayeye sahiptir. Oyun, bir insan çocuğunun yeraltına düşmesiyle başlar. Hikayenin bazı temaları: Seçimlerin etkisi. Arkadaşlık ve düşmanlık. Nostalji.