Tomb Raider II oyunu, Lara Croft'un dünyayı dolaşarak değerli bir eseri kötü ellere düşmeden önce bulma çabalarını anlatıyor. Oyunun hikayesi şu şekilde özetlenebilir: 1. Çin: Lara, eserin ilk parçası olan Seraph'ı bulduğu Çin Seddi'nde aramaya başlar. 2. Venedik: Burada Marco Bartoli'nin inine sızar, kanallarda ilerler ve silahlı adamlarla savaşır. 3. Batık Gemi: Tibet açıklarında bir batık gemide tehlikeli bir su altı keşfi yapar ve antik bir dalış maskesi bulur. 4. Tibet: Karla kaplı dağlarda ve manastırlarda ilerleyerek Yetiler ve diğer mitolojik yaratıklarla savaşır ve eserin saklandığı tapınağın girişine ulaşır. 5. Xian Manastırı: Son çatışmada Marco Bartoli'yi yener ve onun özünden oluşan bir ejderhayı alt etmek için ateşli bir yeraltı dünyasına dalar. 6. Croft Malikanesi: Oyunun sonunda, Bartoli'nin tarikatının kalıntılarının saldırısına uğrar ve burada da mücadelesini sürdürür.