Stardew Valley'deki gizli notlar, oyunculara çeşitli bilgiler ve görevler sunar. Bu notlar, gizli bulmacalar için resimler içerebilir veya belirli karakterlerin sevilen hediyelerini açıklayabilir. Gizli notlar, Büyüteç kullanılarak bulunabilir ve bu notlar, Koleksiyon menüsünde kaydedilir. Bazı gizli notların çözümleri şu şekildedir: Gizli Not 23: Saat 06:00 ile 19:00 arasında envanterde Akçaağaç Pekmezi varken Gizli Koru'ya girilmelidir. Gizli Not 24: Bir mineral veya mücevher, Junimo Kulübesine yerleştirilerek mahsulleri hasat eden Junimos'un rengi değiştirilebilir. Gizli Not 21: Gece tam olarak 12:40'ta, Pelican Town'dan sahile giden köprünün kuzey batısındaki büyük çalılarla etkileşime geçilmelidir.