Stalker 2 için en iyi mod kişisel tercihlere ve aranan özelliklere bağlıdır. Ancak, bazı popüler ve önerilen modlar şunlardır: Optimized Tweaks S.2: Stuttter ve gecikmeyi azaltır, yükleme sürelerini iyileştirir ve bellek yönetimini optimize eder. Grok’s Economy and Difficulty: Ekonomi ve zorluk dengelerini yeniden ayarlar, düşmanların sağlık havuzlarını azaltır ve NPC'lerin daha sert vurmasını sağlar. Maklane’s Better Zone: The Zone'da çeşitli iyileştirmeler yapar, daha dengeli bir oyun deneyimi sunar. A-Life Extended: AI'yı geliştirerek düşmanların spawn zamanlarını, şanslarını ve mesafelerini değiştirir. Ayrıca, Ledge Grabbing modu, parkour mekaniklerini geliştirerek daha fazla dikeylik sağlar. Modların uyumluluğunu kontrol etmek önemlidir, çünkü bazıları diğer modlarla uyumlu olmayabilir.