Sonic Prime'ın ilk sezonu, Sonic the Hedgehog'un Dr. Eggman ile yaptığı bir savaş sırasında Paradox Prism'i kırmasıyla başlayan olayları anlatıyor. Sezonun ana hikayesi: - Sonic, bu yeni dünyalarda arkadaşlarının alternatif versiyonlarıyla tanışır ve her bir boyutu ele geçiren Chaos Council'e karşı onları örgütlemeye çalışır. - Sonic, Prism'in parçalarını toplayıp Shatterverse'i eski haline döndürmeye çalışırken, aynı zamanda kendi orijinal evrenini de kurtarmaya çalışır. - Sonic ve arkadaşları, Boscage Maze, No Place ve Grim gibi çeşitli Shatterspaces'lerde maceralar yaşar ve bu dünyaların sakinlerinin sorunlarına yardımcı olurlar.