Shank 2 hikayesi, ilk oyunun devamı olarak, kartel lideri Cesar'ın ölümünden sonra geçen olayları anlatır. Genel özet: - General Magnus, iç savaştan galip çıkar ve kendisini başkan ilan ederek iktidarı ele geçirir. - Magnus'un milisleri, hükümetin yerine geçer ve kartelin suç faaliyetlerine devam eder. - Shank'in eski akıl hocası Elena, isyanı yönetir ve Shank'i de katılmaya ikna etmeye çalışır. - Ancak Shank, mahkum olduğunu düşündüğü için reddeder. - Bir gün, Elena milisler tarafından yakalanır ve Shank gidip onu kurtarmaya karar verir. Bu şekilde başlayan macerada, Shank, Magnus'un ordusuna karşı savaşarak onu bir kez daha devirmeye çalışır.