"Samurai Commando: Mission 1549", modern bir ordunun yanlışlıkla feodal Japonya'ya zaman yolculuğu yapmasını konu alır .
Hikaye şu şekilde gelişir: Ordu, geçmişteki eylemlerinin şimdiki zamanı etkilemeye başlamasıyla, Japonya'yı fethetmek ve ülkelerinin kaderini değiştirmek isteyen komutanlarının planlarına karşı koymak için geri gönderilir .