Prototype oyunu, Alex Mercer adlı amnezyalı bir şekil değiştiricinin hikayesini anlatıyor. Oyunun konusu: - Alex, Manhattan'da bir virüsün yayılmasıyla başlayan bir salgını durdurmaya çalışır. - Aynı zamanda, geçmişini ve virüsün kaynağını araştırmaya başlar. - Alex'in amacı, hem kendi kimliğini keşfetmek hem de virüsü kontrol altına almaktır.