Prey 2 oyunu, ilk oyun Prey'in devamı olarak planlanmıştı ve birinci şahıs nişancı (FPS) türünde bir açık dünya oyunu olacaktı 12.

Hikaye, ABD Marshal'ı Killian Samuels'in etrafında dönüyordu 12. Samuels, Prey olaylarının yaşandığı sırada Seajay Air 6401 yolcu uçağında bulunuyordu ve bu uçak Sphere'e çarparak çakılınca hayatta kalmıştı 2.

Kaçtıktan sonra Exodus adlı alien dünyasında bir ödül avcısı olan Samuels, hafızasını kaybetmiş bir şekilde, Ec'lora adlı gizemli bir sesin yardımıyla orada yaşamaya başlamıştı 2. Oyunda, Tommy Tawodi ile tanışıp ortak düşmanları yenmeye çalışacaklardı 1.

Oyunun sonunda, Keepers'ın Dünya'yı yok etmek için inşa ettiği Savaş Küresi'ni yok ederek hem Dünya'yı hem de Exodus'u kurtarmaları gerekiyordu 2.