PES'te en iyi kontrol, kişisel tercihlere ve oyun tarzına bağlı olarak değişebilir. Ancak, klavye kontrolleri ve joystick kullanımı genel olarak öne çıkan kontrol yöntemleridir. Klavye kontrollerinde temel hareketler için yön tuşları (W, A, S, D), pas için X, şut için B ve N tuşları kullanılır. Joystick kullanımında ise sol analog çubuğu oyuncunun hareketini kontrol etmek, sağ analog çubuğu ise özel hareketler ve top kontrolü için kullanılır. Ayrıca, her iki kontrol yöntemini de özelleştirmek mümkündür.