PES 2013 oynamak için aşağıdaki kontrolleri bilmek önemlidir: 1. Hareket ve Pas: Yön tuşları veya analog çubuk ile hareket edilir, X tuşu ile kısa pas yapılır. 2. Savunma: Kare tuşu ile pres yapılır, X tuşu ile topa müdahale edilir. 3. Özel Hareketler: R3 ile özel çalımlar, L1 + R1 ile çalım serisi yapılır. 4. Kaleci Kontrolleri: L1 + R3 ile kaleci manuel olarak kontrol edilir. 5. Taktik Ayarları: Oyun planı sekmesinden takım dizilişi ve taktikler ayarlanabilir. Ayrıca, klavye ve joystick ayarlarını değiştirmek için oyunun "settings" uygulamasındaki "KntrlChz" sekmesini kullanmak gereklidir.