Minecraft'ta köylerin farklı olmasının sebebi, bulundukları biyoma göre değişiklik göstermeleridir. Örneğin, çöl biyomunda bulunan köyler kumtaşı bloklarından yapılırken, taiga biyomundaki köyler koyu meşe veya çam ağacından yapılır. Köylerin farklı olmasının diğer sebepleri arasında şunlar sayılabilir: Yapı farklılıkları. Tarım tarlaları. Savunma yapıları. Yollar. Ayrıca, Minecraft’ın sürümleri ve oyuncunun oynadığı modlar da köylerin yapısını değiştirebilir.