Metin 2'nin hikayesi, bir zamanlar tek bir imparatorluk tarafından birleştirilmiş hayali bir Uzak Doğu dünyasında geçmektedir. Ancak bir göktaşının, Metin taşı olarak adlandırılan ve hayvan ile bitki alemini çılgına çeviren bir taşı çarpmasından sonra bu krallık parçalanmış ve biri batıda (Chunjo), biri doğuda (Jinno) ve biri güneyde (Shinsoo) olmak üzere üç krallığa bölünmüştür. Oyuncular, bu dünyada farklı krallıklara katılarak Metin taşlarını yok etmeye ve canavarlarla savaşarak dünyayı eski huzuruna kavuşturmaya çalışırlar.