Metal Slug oyunu, General Donald Morden adlı bir isyan liderinin, Regular Army (Muvazzaf Ordu) ile karşı karşıya geldiği bir hikayeyi anlatır. Olay örgüsü şu şekildedir: General Morden'in İsyanı: Morden, orduda yaşanan bir istihbarat hatası sonucu bir park bombalamasında oğlunu kaybedince isyan kuvvetlerini kurar. Dünya Savaşı: 2026 yılında, "Rebellion" kuvvetleri Amerikan başkanına bir suikast düzenler ve ardından Regular Army'ye dünya çapında bir saldırı başlatır. Savaşın Seyri: Savaş, kara, hava, deniz ve uzay dahil olmak üzere çeşitli cephelerde devam eder. Ek Düşmanlar: Oyunda mumyalar, uzaylılar, zombiler gibi farklı düşmanlar da bulunur. Hikaye, serinin farklı oyunlarında yeni boyutlar kazanır, örneğin Metal Slug 5'te doğaüstü güçler, Metal Slug 6'da ise zamanda yolculuk teması işlenir.