Metal Slug serisinin hikayesi, Regular Army adlı birliğin özel operasyonlar timinden Peregrine Falcon Squad'ın, General Donald Morden ve isyancı ordusuna karşı verdiği mücadeleyi konu alır. Olayların başlangıcı, General Morden'in, orduda yaşanan bir istihbarat hatası sonucu oğlunu kaybetmesi üzerine Regular Army'ye karşı bir darbe yapmasıdır. Ana karakterler, Marco Rossi ve Tarma Roving, bu saldırıya karşı koymak için görevlendirilir. Serinin ilerleyen oyunlarında, Morden uzaylılarla ittifak yapar ve onlarla birlikte uzaya çıkar.