Kirpi Sonic 3 filminde, Sonic, Knuckles ve Tails daha önce karşılaştıkları hiçbir şeye benzemeyen güçlere sahip gizemli bir düşman olan Shadow ile yeniden mücadele ediyorlar. Yetenekleri yetersiz kalan Sonic Takımı, beklenmedik bir müttefik arayışına girmek zorunda kalıyor.