Half-Life 2 için en iyi modlar arasında şunlar öne çıkmaktadır: 1. MINERVA: Adam Foster tarafından yaratılan bu mod, Half-Life evreninde geçer ve oyuncuların Combine Overwatch'ın dönek rolünü üstlendiği bir hikaye sunar. 2. Black Mesa: Orijinal Half-Life'ı Source Engine'e taşıyan ve dokular, ses oyunculuğu ve yeni haritalar gibi birçok iyileştirme içeren bir moddur. 3. The Stanley Parable: Doğrusal olmayan bir anlatı etrafında dönen ve oyuncuların ofisi keşfetmelerine olanak tanıyan komik bir moddur. 4. Garry's Mod: Half-Life evrenindeki karakterleri ve öğeleri özgürce kullanma imkanı sunan bir sandbox modudur. 5. Silent Hill: Alchemilla: Silent Hill serisini Source Engine'de yeniden canlandıran ve tamamen yeni bir hikaye sunan bir korku modudur.