Half-Life hikayesi, Gordon Freeman adlı bir fizikçinin gözünden anlatılan bir maceradır. Olaylar, Black Mesa Araştırma Tesisi'nde geçer: 1. Freeman, tesiste çalışırken yaptığı bir deney sırasında açtığı portal ile uzaylı Combine ırkının Dünya'yı istilasına neden olur. 2. Tesis, bir savaş alanına dönüşür ve Freeman, hayatta kalmak için mücadele eder. 3. Freeman, Xen adı verilen başka bir boyuta ışınlanır ve burada tehlikeli yaratıklarla karşılaşır. 4. Lambda Direnişi adlı bir grupla tanışan Freeman, Combine'a karşı savaşarak insanlığı kurtarmaya çalışır. Oyunun ana antagonistleri Combine ve gizemli ajan G-Man'dir.