Ghost Recon: Alpha, Tom Clancy's Ghost Recon: Future Soldier oyununun bir ön filmi olarak, ABD Ordusu'ndan seçkin bir timin, on yıldan fazla bir süredir yakalanmaktan kaçan tehlikeli bir Rus savaş suçlusunu takip etmesini ve durdurmasını anlatıyor. Rus askeri yetkililerin öldürülmesinin ardından, ekip altı adet rogue RSM-56 Bulava nükleer füze savaş başlığı cihazını ele geçirmekle görevlendirilir. Filmin sonunda, Londra'ya bir bakış atılır ve "Devam edecek" ifadesiyle hikaye sona erer.