Nintendo GameCube, kendi standart oyun kontrolcüsünü kullanmaktadır. Bu kontrolcü, M-şekilli bir tasarıma sahip olup, daha geleneksel bir gidon tarzı kontrolcü şeklindedir. Ayrıca, 2002 yılında kablosuz bir kontrolcü olan WaveBird piyasaya sürülmüştür. Nintendo GameCube kontrolcüsü, yalnızca Nintendo Switch 2 ile uyumludur.