FIFA 16 için çeşitli modlar mevcuttur, bunlardan bazıları şunlardır: 1. ModdingWay All In One 2.7.2: Bu mod, oyuna birçok yeni içerik ekler ve oyun düzeltmeleri, denge ayarlamaları, yeni takımlar ve kadrolar gibi özellikler sunar. 2. FIFA 16 CG File Explorer V0.8: Bu, FIFA 16 için üçüncü taraf bir SDK olup, oyun içeriğini düzenleme ve oluşturma imkanı sağlar. 3. FIFA 16 EA Sports FC 25 Modu: Bu mod, geliştirilmiş grafikler, yeni ligler ve takımlar, kariyer modu iyileştirmeleri ve Ultimate Team genişlemesi gibi özellikler sunar. 4. UI Modları: Oyunun menülerini ve arayüzlerini değiştiren, grafikleri güncelleyen ve yeni temalar ekleyen modlar da mevcuttur.