Far Cry 3'ün zorluğu, oyuncunun tercih ettiği zorluk ayarına bağlı olarak değişir. Oyun, üç farklı zorluk seviyesi sunar: Adventures, Survivor ve Warrior. Bazı oyuncular, özellikle başlangıçta oyunun kolay olduğunu, ancak düşman sayısının artması ve daha güçlü silahlara sahip olmaları nedeniyle zorluğun arttığını belirtmişlerdir. Yapay zekanın yetersizliği ve yetersiz multiplayer gibi bazı eksiklikler de oyunun dinamiklerini zorlaştırabilir.