Far Cry 6'nın hikayesi, genel olarak iyi olarak değerlendirilmektedir. Hikaye, Yara Adası'nda geçen ve diktatör Anton Castillo'nun zulmüne karşı gerilla örgütü Libertad ile verilen mücadeleyi konu alır. Bazı kullanıcılar, hikayenin "Far Cry 3 ve 4'ün karışımı" olduğunu ve netflix tarzı bir anlatım kullandığını belirtse de, hikayenin sürükleyici ve güzel olduğu ifade edilmektedir. Ancak, hikayedeki dramatik unsurların genel anlatıma yeterince yayılmadığı ve baş kötünün yeterince görünmediği de eleştirilen noktalar arasındadır.