TJK e-Bayi, hesaba transferlerde herhangi bir komisyon almamaktadır .
Ancak, para yatırma işlemleri için anlaşmalı bankalar üzerinden belirli komisyon ücretleri uygulanabilir . Örneğin, Ziraat Bankası üzerinden yapılan işlemlerde 100 TL ve altı için 3 TL, 100 TL ve üzeri için 9 TL komisyon alınmaktadır .