Call of Duty: Black Ops 6 hikayesi, Körfez Savaşı'nın merkezde olduğu bir casus-gerilim anlatısına sahiptir. Oyunun konusu kısaca şu şekildedir: - 1990'lı yılların başında geçen hikayede, CIA'in en üst kademelerine sızan karanlık bir gizli güç, direnen herkesi hain olarak damgalamaktadır. - Black Ops gazisi Frank Woods ve ekibi, teşkilatlarından ve ülkelerinden sürgün edilmiş, kendi yozlaşmış hükümetlerinden bir adım önde olmak için yeraltı suç dünyasıyla birlikte çalışarak haydutluk yapmak zorunda kalmışlardır. - Tek amaçları, gerçek hainleri yakalamak ve adlarını temize çıkarmaktır. Hikaye, oyuncuların seçimlerine ve eylemlerine bağlı olarak birden fazla sonla, yüksek tekrar oynanabilirlik sunacak şekilde tasarlanmıştır.