Bubble Trouble oyunu şu şekilde oynanır: Amaç: Ekrandaki tüm baloncukları zıpkınla patlatmak. Kontroller: Oyuncu 1: Sağ-sol yön tuşları ile hareket eder, boşluk tuşu ile ateş eder. Oyuncu 2: WASD tuşları ile hareket eder, Q tuşu ile ateş eder. Oyun Modları: Tek kişilik veya iki kişilik mod mevcuttur. İlerleme: İlk baloncuk vurulur, ikiye bölünür ve yeni baloncukları da vurmak gerekir. Hayatlar: Oyuncu, baloncuklara dokunduğunda bir can kaybeder ve seviye baştan başlar. Güç-up'lar: Baloncukları patlatarak zaman kazandıran saat gibi güç-up'lar alınabilir. Zamanlayıcı: Altta görünen kırmızı çubuktaki süre dolmadan tüm baloncukları patlatmak gerekir.