Black Mesa askeri hikayesi, Half-Life evreninde geçen ve Black Mesa Research Facility’de yaşanan olayları bir deniz piyadesi olarak deneyimleme fırsatı sunan Black Mesa: Military modu ile ilgilidir. Black Mesa: Military, oyunculara 10 yılı aşkın bir süredir beklenen farklı bir bakış açısıyla zengin bir deneyim sunar. Black Mesa: Military, hikayesiyle Half-Life: Opposing Force’a benzer bir konsept sunar. Black Mesa: Military, oyunculara yeni görevler, aksiyon dolu anlar ve detaylı bir anlatım vaat eder. Black Mesa: Military modu, Black Mesa sahipleri için ücretsiz olarak sunulur ve internet üzerinden indirilebilir.