"Ben 10: Omnitrix'in Sırrı", Ben Tennyson'un Dr. Animo ile savaşırken yanlışlıkla Omnitrix'in kendini imha etme modunu başlatmasını konu alır. Ben, Omnitrix'i yapan kişiyi bulup bu durumu tersine çevirmek için bir yolculuğa çıkar. Film, 10 Ağustos 2007 tarihinde yayınlanmıştır.