Batman: Arkham Knight oyunu, Arkham City'nin bir yıl sonrasında geçer. Oyunun hikayesi şu şekilde özetlenebilir: Scarecrow, Gotham'ı korku gazıyla tehdit eder. Batman, Scarecrow'u bulmaya çalışır ancak başarısız olur. Jokerleşen hastaların serbest kalmasıyla Batman, onları bulup odalarına kapatır. Arkham Knight'ın aslında Jason Todd olduğu ortaya çıkar ve Batman ile aralarında bir dövüş yaşanır. Batman, Scarecrow'u yakalar ve korku toksini enjekte edilir. Jason Todd, Batman'e yardım eder ve Scarecrow tutuklanır. Batman, Knightfall Protocol'ü etkinleştirir ve hikaye sona erer. Hikaye, genel olarak ortalama bir değerlendirme almıştır. Ancak, oyunun atmosferi, Batman mekanikleri ve çeşitliliği övülmüştür.