Assassin’s Creed Shadows hikayesi, feodal Japonya’da geçen ve Sengoku döneminin sonlarında yaşanan olayları konu alır. Oyunun iki ana karakteri vardır: Naoe ve Yasuke. Naoe, İga bölgesinden gelen bir shinobi suikastçısıdır. Yasuke, tarihte gerçekten var olduğu iddia edilen bir Afrikalı samuraydır. Oyuncular, bu iki karakterin bakış açılarından hikayeyi deneyimleyerek, intikam, ihanet ve ittifakların şekillendirdiği bir dünyada ilerlerler.