Assassin's Creed III oyunu, 1754-1783 yılları arasında Amerikan Kuzeydoğusu'nda geçen bir hikayeyi anlatıyor. Oyunun ana konusu: - Haytham Kenway ve Ratonhnhaké:ton karakterlerinin maceraları. - Connor adlı karakterin, yarı yerli yarı İngiliz bir suikastçı olarak, topraklarını ve halkını koruma mücadelesi. - Desmond Miles'ın, atalarının anılarını yaşadığı ve modern dünyanın kaderini şekillendirdiği bölümler. Oyun, aynı zamanda tarihî detaylara büyük önem veriyor ve oyuncuları dönemin Boston ve New York gibi şehirlerinde sürükleyici bir deneyime davet ediyor.