Assassin's Creed Shadows'un hikayesi, 1579 yılında feodal Japonya'da geçiyor ve iki ana karakterin hikayesini anlatıyor: Yasuke ve Naoe. Yasuke, Afrikalı kökenli bir savaşçı olup, Avrupa'daki efendilerinin kölesi olarak Japonya'ya gelir ve savaş lordu Oda Nobunaga tarafından fark edilerek samuray olur. Naoe, köyü Nobunaga'nın orduları tarafından talan edildikten sonra babasının mirasını alıp gizemli geçmişinin peşinden gider. Hikaye, farklı bölümlere ayrılmış olup, karakterleri tanımamızı sağlayacak içerikler sunarak ilerler. Hikaye, genel olarak alternatif bir tarihi ve derin bir anlatıyı işliyor. Assassin's Creed Shadows, iki farklı ana karakter ve farklı oyun tarzları sunarak oyunculara çeşitli deneyimler sağlar.