Ajan 47 (Agent 47) konusu, Hitman isimli video oyunu serisindeki kurgusal bir karakterin hikayesine dayanmaktadır 1.

Ajan 47, genetiği değiştirilerek oluşturulmuş birinci sınıf bir insan klonudur ve Uluslararası Kontrat Ajansı'na bağlı olarak çalışan bir suikastçıdır 1.

Filmin konusu ise şöyle özetlenebilir:

Uzun yıllar süren araştırmaların ürünü olan Ajan 47, güç, hız ve zeka anlamında tam bir başarı örneğidir 34. Yeni görevi, kendisinin gizemini çözüp aynı formül üzerinden bir katil ordusu yaratmaya çalışan bir mega şirkete karşı harekete geçmektir 34. Bu görevde ona, babasını bulmaya çalışan Katia adlı bir kadın yardımcı olacaktır 3.