Pendik Metro İstasyonu'nda 5 adet çıkış bulunmaktadır . Bu çıkışlar:
- 1 nolu Kadıköy yönü İETT Durakları ;
- 2 nolu Tuzla yönü İETT Durakları ;
- 3 nolu Mostar Bulvarı ;
- 4 nolu Oto Sanayi ;
- 5 nolu YHT/İDO/Sahil İETT Durakları .
1 ve 5 nolu girişler D100'ün kuzeyinde, 2, 3 ve 4 nolu girişler ise güneyinde yer almaktadır . 1, 2, 3 ve 4 nolu girişler yaklaşık 320 m uzunluğundaki bir yaya altgeçidi ile birbirine bağlanmaktadır .