Ortaköy'e vapurla gitmek için Üsküdar veya Kadıköy'den seferler bulunmaktadır. Üsküdar'dan Ortaköy'e vapurla gitmek için: Üsküdar'dan Beşiktaş vapuruna binilip, Beşiktaş'ta Ortaköy yönüne giden Bahçeşehir Üniversitesi durağında inilir. Kadıköy'den Ortaköy'e vapurla gitmek için: Kadıköy Rıhtım'dan Beşiktaş vapuruna binilip, Beşiktaş'ta Ortaköy yönüne giden Bahçeşehir Üniversitesi durağında inilir. Ayrıca, Eminönü, Bebek, Beykoz, Sarıyer üzerinden de bir vapur hattı bulunmaktadır, ancak bu hat günde yalnızca 1-2 sefer olarak gerçekleştirilmektedir. Vapur sefer saatleri değişkenlik gösterebilir, güncel bilgiler kontrol edilmelidir.