Evet, M9 ve M3 metro hatları bazı istasyonlarda bağlantılıdır: İkitelli Sanayi İstasyonu: M9 ve M3 hatları bu istasyonda aktarma imkanı sunmaktadır. Yenibosna İstasyonu: M9 hattı ile M1A Yenikapı-Atatürk Havalimanı metro hattı ve metrobüs arasında aktarma yapılabilir. Bu sayede, M9 hattını kullanan yolcular, belirli istasyonlarda M3 hattına geçiş yaparak güzergahlarını değiştirebilirler.