Güney Kurtalan Ekspresi, Ankara'dan başlayıp Siirt'in Kurtalan ilçesine kadar uzanan bir güzergâh izler. Güzergâh üzerindeki bazı duraklar: Kırıkkale; Kayseri; Sivas; Malatya; Diyarbakır; Batman. Tren, bu duraklar arasında büyük şehirlerde 8-14 dakika, ara duraklarda ise 1-4 dakika durur.