Ehliyet harcı, gerekli durumlarda iki kez yatırılabilir. Örneğin, eski tip sürücü belgelerinin 2016 sonrası alınan yeni tip belgelerle değiştirilmesi sırasında hem değerli kâğıt bedeli hem de vakıf payı ödenir. Ayrıca, ehliyetin kaybolması veya çalınması durumunda da bu ücretler yeniden yatırılarak yeni belge başvurusu yapılabilir. Ehliyet harcı ödeme işlemleri, Gelir İdaresi Başkanlığı ve Türk Polis Teşkilatını Güçlendirme Vakfı ile anlaşmalı bankalar aracılığıyla gerçekleştirilir.