Yeni Yüzyıl gazetesi iki kez kapanmıştır: 1. İlk kapanış: Gazete, tiraj kaybı nedeniyle 11 Haziran 1999 tarihinde yayın hayatına son vermiştir. 2. İkinci kapanış: 15 Mayıs 2016 tarihinde, gazetenin sahibi Mansur Topçuoğlu'nun mütevelli heyeti başkanı olduğu Haliç Üniversitesi'ne Yükseköğretim Kurulu (YÖK) tarafından el konulmasından sonra kağıt baskıya son verildiğini açıklamıştır. Yayın hayatını dijital sürümde devam ettireceğini belirtmiştir.