Vatikan Müzesi'ndeki en değerli eser konusunda kesin bir görüş yoktur, ancak bazı öne çıkan eserler şunlardır: Sistine Şapeli Tavanı: Michelangelo'nun "Adem'in Yaratılışı" freski, şapelin en ünlü ve sanat tarihinin önemli eserlerinden biridir. Raphael Odaları: "Atina Okulu" freski, Yüksek Rönesans ruhunu yansıtan önemli eserler arasındadır. Laocoön ve Oğulları Heykeli: Museo Pio-Clementino'da bulunan bu mermer heykel, Vatikan koleksiyonundaki en ünlü antik heykeldir. Apollo Belvedere ve Belvedere Torso: Klasik heykelin şaheserleri arasında yer alır. Vatikan Müzeleri, Rönesans'tan Modern döneme uzanan birçok önemli sanat eserini barındırmaktadır.