"Şifrelerin Peşinde İstanbul" kitabının özeti şu şekildedir: Bir sabah, Nehir, Efe ve Cafer'in sınıfındaki tüm öğrenciler ve öğretmenleri donup kalır ve yaşadıkları yerde zaman durur. Bu süreçte onlara yardım edecek kişiler olduğu kadar, görevlerini zorlaştıracak kişiler de vardır.