Rafadan Tayfa'nın TRT Çocuk'tan ayrılma nedeni hakkında resmi bir açıklama bulunmamaktadır. Ancak, bazı iddialar mevcuttur: Yapım şirketi ile TRT arasındaki anlaşmazlık: Çizgi dizinin yapımcısı Anima İstanbul'un, TRT ile yaşadığı bir anlaşmazlık nedeniyle Rafadan Tayfa'nın yayından kaldırıldığı öne sürülmektedir. İçerikle ilgili eleştiriler: Çizgi dizinin bazı bölümlerinde yer alan bazı unsur ve sahnelerin, bazı kesimler tarafından eleştirildiği ve bu durumun yayından kaldırma kararına yol açmış olabileceği öne sürülmektedir. Rafadan Tayfa'nın yayına geri dönüp dönmeyeceği bilinmemektedir.