Prado Müzesi'nde bulunan bazı önemli eserler şunlardır: Diego Velázquez: "Las Meninas" (Nedimeler), "The Triumph of Bacchus". Francisco Goya: "Çıplak Maya", "Giyinik Maya", "3 Mayıs 1808". Hieronymus Bosch: "Dünyevi Zevkler Bahçesi". Peter Paul Rubens: "Üç Güzeller", "Kız Kardeşler". Titian: "Danae", "İmparator Charles V'nin Portresi". Albrecht Dürer: "Self-Portrait". Andrea Mantegna: "The Death of the Virgin". Müze, 12. yüzyıldan 20. yüzyıla kadar geniş bir koleksiyona sahip olup, İspanyol, İtalyan, Flaman ve Alman sanatının önemli eserlerini içermektedir.