My Little Pony'nin gerçek hikayesi, Nimaru tarafından çizilen "The Real Story" adlı çizgi romanda anlatılmaktadır. Hikaye, Nightmare Moon'un nasıl ortaya çıktığını ve Equestria'nın prensesleri Celestia ve Luna'nın onunla mücadelesini konu alır. Özetle, olayların gelişimi şu şekildedir: 1. Gece, Luna tarafından yükseltilirken, Luna, Miasma adlı saf kötülükten oluşan bir varlığın saldırısına uğrar. 2. Celestia, kız kardeşinin yardımına koşar ama çok geç kalmıştır; Miasma, Luna'yı tamamen ele geçirmiştir. 3. Celestia, Miasma'yı yenmek için diğer beş poniyi, Element of Harmony'yi temsil eden, toplar ve onların yardımıyla Nightmare Moon'u ayın uydusuna hapseder. 4. Luna'nın ebeveynleri, bu dünyada Equestria'yı yaratan tanrılar, ortaya çıkar ama Miasma ile savaşmak yerine, Celestia'yı alarak kaçarlar. 5. Celestia, Luna'ya her gece ulaştığını ve kız kardeşinin kendisini hatırladığını söyleyerek onu rahatlatır.