Ömer Faruk Efendi'nin mezarı, İstanbul'da, Cağaloğlu'ndaki II. Mahmud Türbesi'nde bulunmaktadır .
Ömer Faruk Efendi, 28 Mart 1969 tarihinde Kahire'de vefat etmiş, ancak ölümünden 5 yıl sonra, 1977 yılında, Osmanlı hanedanının erkek üyelerinin ülkeye dönmelerine izin verilmesi üzerine naaşı Türkiye'ye nakledilmiştir .